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办公室（党委办公室）
主要职能：承担机关日常运作，承担文秘，拟订本单位综合工作制度、年度工作计划；组织起草和审核重要文稿；承担公文处理、会务管理、信息调研、档案管理、机要保密、来信来访、安全工作；政务公开、税收宣传、普法宣传、新闻管理、涉税舆情管理；督查督办；办理人大代表议案、建议和政协委员提案；上海税务网站区局网页、微信、微博等新媒体运行管理；绩效管理；党委文件、会议、督办等有关日常综合性事务。
法制科
主要职能：组织实施依法行政工作；督促涉及多部门、多税种、社会保险费和有关非税收入综合性政策文件落实工作；组织实施重大执法决定的法制审核工作；组织协调重大税务案件审理；行政复议、行政诉讼；公职律师和法律顾问相关管理。落实本单位内部控制工作；税收执法督察；社会保险费和有关非税收入法律、法规、规章及规范性文件执行情况的监督检查；实施税收执法责任制工作；监督检查贯彻落实上级重大决策部署情况；协调配合外部监督和上级监督，统筹协调内部监督检查；“一案双查”工作。
货物和劳务税科
主要职能：组织实施增值税、消费税、车辆购置税等的征收管理工作，业务问题的解释和处理；增值税发票管理，相关信息系统的推广应用及管理；指导相关税种管理、检查。组织实施进出口税收的管理工作；进出口税收具体业务问题的解释和处理，出口退税。
企业所得税科
主要职能：组织实施居民企业所得税征收管理工作，企业所得税具体业务问题的解释和处理；落实国家（地区）间税收条约（安排）；跨境税收管理工作；实施反避税工作。
个人所得税科
主要职能：组织实施个人所得税征收管理工作；个人所得税具体业务问题的解释和处理。
财产行为税和社会保险费科
主要职能：组织实施房产税、城镇土地使用税、土地增值税、契税、城市维护建设税、印花税、资源税、环境保护税、车船税、耕地占用税等征收管理工作，相关税种具体业务问题的解释和处理；组织实施基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、工伤保险费、生育保险费等社会保险费和文化事业建设费、教育费附加、地方教育附加等有关非税收入征收管理工作。
收入核算和税收经济分析科
主要职能：统筹协调组织收入工作，开展收入分析预测、预警分析和收入质量管理，实施重点税源监控、企业税收资料调查工作；组织实施会计统计核算、缴库退库、票证管理等工作，实施监督和风险管理。贯彻落实税收经济分析管理制度，拟订具体实施办法；参与建立并落实税收经济分析指标体系；开展动态监控分析；开展国家和地区重大经济发展战略实施情况专题分析以及本地区与国外、国内同类型地区的比较分析；组织开展税收政策效应分析，跟踪评估减免税等政策实施效果；统筹推进本单位税收经济分析工作。
纳税服务科
主要职能：组织开展纳税缴费服务工作。 组织实施纳税服务制度和规范；落实优化税收营商环境服务举措；组织开展面向纳税人、缴费人的宣传辅导、咨询服务、办税服务、权益保护、信用评价等工作；承担办税服务厅、纳税服务热线等面向纳税人和缴费人的服务渠道管理；落实涉税专业服务监管政策及制度，统筹协调社会化纳税服务。牵头落实大企业税收服务和管理工作。
征收管理科
主要职能：组织落实综合性税收征管法律、法规、规章及规范性文件，拟订具体操作办法；税务登记、纳税申报、普通发票管理等日常征管核查工作；承担征管质量监控评价；组织落实信息化规划、方案和制度，实施信息化建设、考核评价和验收工作；承担税务业务需求管理；承担信息化信息化建设、保障工作；承担税收管理信息系统的运行维护工作；组织实施信息安全管理。组织辖区内的税收日常检查工作，配合做好稽查相关工作。
税收风险管理局
主要职能：数据管理和风险管理工作；自然人电子税务局管理；大数据平台的日常管理与应用；承担本单位各类税收数据、社会保险费和有关非税收入等数据的集中管理、分析应用、风险应对。
财务管理科
主要职能：预决算管理、基建管理、会计核算管理、财务内控管理和政府采购、资产管理；税务制服换配装；基本建设项目财务管理工作。代办工会和党团经费账的会计核算工作。
组织人事科
主要职能：干部人事制度及税务人才队伍建设；承担人事、机构编制、公务员管理、数字人事、干部考核等工作；承担工资、人事档案等工作；承担本单位科级领导班子及本单位干部的管理、监督等工作；监督检查执行干部人事规章制度情况。教育培训，领军人才、专业人才库管理；老干部工作。
机关党委（党建工作科）
主要职能：协助党委落实全面从严治党主体责任和党的政治建设工作责任制；组织实施本单位党的建设工作；党员教育、管理、监督和服务工作；承担党委理论学习中心组的学习服务工作；党建研究和党建宣传；统筹思想政治工作、意识形态建设、税务文化建设、精神文明建设和统战工作；落实基层党组织和工青妇等群团组织建设；承担机关和派出机构党群工作；组织开展巡察工作。
党委纪检组
主要职能：负责机关和派出机构党的纪律检查工作。
